Нил Столобенский родился в конце XV века в древних Новгородских землях – в Деревской пятине, в Жабенском погосте Валдайского уезда. Кто были его родители, и как его звали в миру,  неизвестно. Осиротел он еще будучи совсем юным, но, отличаясь любовью к Богу, почти сразу ушел в псковский монастырь Иоанна Богослова в Крыпцах, где, в честь подвижника горы Синайской, принял постриг с именем Нила.  Преподобный Нил был радушно принят братией и игуменом монастыря преподобным Саввой Крыпецким. Спустя время, скрываясь от людской похвалы, которая исходила от братии, преподобный покинул обитель и ушел в затвор, то есть стал пустынножителем. Так, примерно в 1515 году он  поселился в уединенном месте в дремучем лесу на берегу реки Черемухи, находящемся в 25 верстах от острова Столобное. Здесь преподобный срубил себе часовню и келью, и, в молитвенном уединении, посвящал себя служению Богу.

Но вновь людская слава не оставила его, местные жители, узнав о великом подвижнике, стали стекаться к нему  за исцелением, утешением  и  советами.  Тогда преподобный Нил, с Божьего благословения, которое он получил во сне, ушел из своей кельи, где прожил 13 лет, и примерно в 1528 году поселился на острове Столобное озера Селигер.

Переправившись на остров, он выкопал в горе пещеру, в которой прожил первую зиму, а потом, с наступлением весны, построил себе келейку, а для совершения молитв — часовню. Пищу преподобный добывал, возделывая землю своими руками, а иногда принимал подаяния от боголюбивых окрестных жителей. Проводя дни и ночи в молитве и богомыслии, святой не позволял себе присесть или прилечь даже на малое время. А в случаях крайнего изнеможения он стоял, опираясь пазухами рук на деревянные крюки, вбитые в стену его кельи, и в таком положении пользовался кратковременным отдыхом.

Скончался столобенский отшельник   7/20 декабря 1554 года.

Накануне, после Божественной Литургии в престольный праздник святителя Николая, игумен Николо-Рожковского монастыря Сергий, повинуясь настойчивому внутреннему зову, отправился с запасными Святыми Дарами к своему духовному чаду — отцу Нилу.

С радостью встретились преподобные, приветствовали друг друга святым целованием, сотворили по обычаю молитву. После исповеди, долго пребывали они в духовной беседе, во время которой открыл преподобный Нил игумену Сергию, что со временем на острове воздвигнет Бог храм  и место это святое будет жилищем иноков. А напоследок сказал отшельник игумену, что приблизился конец его земной жизни, причастился Святых Божественных Тайн и  попросил в ближайшие дни посетить его снова.

Не откладывая, на следующий же день, приехал игумен Сергий с братией и нашел преподобного Нила «скончавшегося, на вбитые в стену крюки пазухами опершегося, как бы в вечном сне на молитве Богу предстоявшего». Келья Святого наполнена была благоуханием, а лик его был светлее, чем при жизни.

Братия с молитвами положили тело Подвижника в гроб, сделанный им самим, и погребли в часовне, где заранее Преподобным выкопана была могила для себя. Радовались духом братия, что удостоились послужить святому Угоднику Божию; с этой духовной радостью возвратились в монастырь. Память о светлом успении преподобного Нила Столобенского так и жила в Николо-Рожковском монастыре.